Conciente de la necesidad de reemplazar la generacion de entrenadores a reaccion existentes y lograr un prototipo de segunda generacion , la Aeronautica Militar Italiana concedio a Aermacchi el desarrollo de un proyecto destinado a reemplazar los M.B 326 y Aeritalia G91T, estos proyectos se iniciaron bajo las denominaciones M.B. 338 y M.B.339 (con siete y dos variantes cada una). 
 

Debido a problemas de costos, se eligio el desarrollo de la propuesta MB-339 como M.B.339L con un turbosoplante Larzac y M.B.339V con el turborreactor Rolls-Royce Viper en la serie M.B.326. La mayor parte de la estructura de sustentacion del M.B.339 era comun a la del M.B.326K, las unicas diferencias estaban en la parte delantera del fuselaje, con una carlinga modificada y mejor visibilidad en todas las direcciones y en la cola, con un plano vertical mayor. En Febrero de 1975 las Fuerzas aereas Italianas adoptaron la version propulsada por el turborreactor Viper y los dos primeros prototipos volaron en Agosto de 1976.
 

En el segundo prototipo se rediseño la parte delantera del fuselaje, con lo cual la cabina del instructor queda por encima del alumno; la carlinga es  mas alargada permitiendo una mejor visibilidad. Los dos ocupantes disponen de asientos Martin-Baker cero-cero, se mejoro la avionica con la inclusion de un sistema Tacan, computador de navegacion, instrumentos para el aterizaje sin visibilidad, identificacion amigo-enemigo, y radio VHF y UHF. El fuselaje y los depositos de punta del ala permiten una capacidad estandard de 1413 lts de combustible, ademas se puede colocar un deposito lanzable de 340 lts. 

El Ministerio del Aire Italiano hizo un pedido inicial de 15 M.B.339 para un total final de 100 unidades; el primero de los 100 entrenadores M.B.339A volo el 20 de Julio de 1978 e inicio pruebas operacionales en 1979. Los Frecce Tricolori , el equipo acrobatico de la AMI recibieron 15 M.B.339PAN en 1982. La version Mb-339C impulsada por el motor Viper 680 cuenta con avionica mejorada y entro en servcio en 1991, su configuracion incluye: sistema HUD en ambas cabinas, una pantalla monocromatica, un control HOTAS, computador de navegacion, computador para armada de armas, plataforma de vuelo inercial, y receptor de radar de alerta.

MB-339FD
La ultima version del MB-339, la FD volo por primera vez en 1996, esta version es completamente digitalizada y presenta una alta maniobrabilidad. El MB-339FD ha sido seleccionado por la Fuerza Aerea Venzolana, la cual hizo un pedido por 24 unidades. Esta version esta equipada con una nueva avionica conectada por un sistema redundante de bus de datos, estando impulsda por el motor Viper 680. El la Fuerza Aerea Italiana, esta version es la MB-339CD y presta servicio como entrenador para los pilotos del Tornado y el Eurofighter. 

CONTRAMEDIDAS
El MB-339FD esta equipado con un conjunto de guerra electronica que incluye el receptor de radar de alerta ELT-156, el dispensador de laminillas y señuelos Tracor AN/ALE-40 y un contenedor activo de medidas contraelectronicas ELT-555.